Když na podzim roku 2000 začaly po prvních krajských volbách vznikat struktury tehdy ještě Jihlavského kraje, byl Jiří Běhounek primářem pelhřimovské ortopedie a o kariéře krajského politika nepřemýšlel. Již o několik měsíců později však zasedl ve zdravotní komisi krajské rady, která měla mimo jiné připravit převzetí okresních nemocnic od státu či definovat základní pravidla pro poskytování zdravotní péče na Vysočině. Za další tři roky se, už jako zastupitel, stal předsedou zdravotní komise; v letech 2008 a 2012 jej pak přízeň voličů vynesla dokonce do pozice hejtmana.